En sus aplicaciones médicas el ozono no tiene ningún tipo de toxicidad, si bien es cierto
que la inhalación concentrada y excesiva del gas, si es tóxica, pero este último caso no es aplicable en los tratamientos usuales de ozonoterapia.

De todas maneras a modo ilustrativo diremos que, el ozono tiene un paralelismo con el oxígeno, por algo uno es un isótopo del otro, que nos permite entender la única toxicidad de ozono, y es que el oxígeno concentraciones puras también es tóxico.

Las conocidas mascarillas de los hospitales no suministran oxigeno puro sino una mezcla respirable al igual que las bombonas utilizadas para submarinismo o por los equipos de bomberos que solo contienen aire comprimido contra la creencia popular de que es oxígeno.

Por tanto el ozono en la vías de administración medicas es completamente atóxico